راویس بیوتک، تشکیل شده از گروهی از فارغ التحصیلان انستیتو پاستور ایران که با دانش علمی انجام دینامیک مولکولی و تجهیزات لازم جهت این فرایند، خدمات اجرای دینامیک مولکولی را برای پژوهشگران حوزه بیوانفورماتیک فراهم کرده اند. راویس بیوتک با قدمت 7 ساله خود یکی از اولین گروه‌هایی است که به صورت تخصصی به شبیه سازی دینامیک مولکولی پرداخت است. با توجه به شناخت بنده از این تیم و همکاری بنده در برخی از زمینه‌ها، این بخش از خدمات راویس بیوتک خدمت شما معرفی میگردد.

سعید ضیایی

شبیه سازی دینامیک مولکولی

شبیه سازی دینامیک مولکولی ( Molecular Dynamics ) روشی برای مطالعه روند دینامیک سیستم های زیستی براساس قوانین شناخته شده فیزیکی و معادلات ترمودینامیکی است. در حالی که روشهای پرهزینه NMR و کریستالوگرافی اشعه ایکس اطلاعات مدل ایستای ماکرومولکول ها در محیط زیستی را میدهد، شبیه سازی دینامکی مولکولی اطلاعات کاملی در سطح اتمی درباره پایداری پروتئین ها، تاخوردگی ها، تغییرات کنفورماسیونی و ترمودینامیک در برهمکنش های پروتئین با سایر ماکرومولکول ها  فراهم می کند.

شبیه سازی ساختار ماکرومولکول‌ها نیازمند شبیه سازی رفتار تک تک اجزای یک محیط از پیش تعیین شده و اتم‌های مولکول مورد نظر بوده و علیرغم تئوری ساده، فرایندی با محاسبات بسیار پیچیده است. به همین منظور این شبیه سازی نیازمند نرم افزارهای خاص و سرورهای دارای سخت افزار بسیار قوی و هسته‌های پردازشی متعدد است.

شرکت راویس بیوتک با دارا بودن سرور‌های قدرتمند بر پایه پردازشگرهای نسل جدید اینتل Xeon Gold و پردازشگرهای گرافیکی قدرتمند شرکت NVIDIA و تیم تخصصی مسلط به انواع تکنیک‌های شبیه سازی مولکولی آمادگی ارائه خدمات شبیه سازی و برهمکنش مولکولی را برای انواع مولکول‌های زیستی را دارا است.

شما میتوانید بر اساس نیاز خود از خدمات انجام شبیه سازی مولکولی بر اساس اطلاعات مورد نیاز شما و یا خدمات مشاوره و اجرای پروژه شبیه سازی مولکولی استفاده نمایید.

GROMACS یک بسته نرم افزاری برای انجام محاسبات دینامیک مولکولی است که برای بررسی رفتار مولکولهای زیستی مانند پروتئین ها، لیپیدها و اسیدهای نوکلئیک با برهمکنش پیوندی پیچیده طراحی شده است.

شما میتوانید بدون نگرانی از پیچیدگی‌های این نرم افزار و بدون نیاز به در اختیار داشتن سرور و امکانات سخت افزاری شبیه سازی دینامیک مولکولی خود را به تیم راویس بیوتک بسپارید.

خدمات تخصصی شبیه سازی مولکولی (Molecular Dynamics):

جهت ثبت سفارش خدمات تخصصی شبیه سازی مولکولی فرم زیر را تکمیل نمایید:

اجرای پروژه و خدمات مشاوره شبیه سازی دینامیک مولکولی Molecular Dynamics :

شرکت راویس بنا به درخواست متعدد از پژوهشگران در مورد ارائه خدمات پژوهشی در زمینه شبیه سازی مولکولی جهت تکمیل تحقیقات پژوهشگرانی که تخصصی در زمینه بیوانفورماتیک ندارند، خدمات مشاوره و اجرای پروژه شبیه سازی مولکولی را راه اندازی نموده است. در این خدمات شما نیازی به داشتن اطلاعات پایه در مورد شبیه سازی مولکولی نخواهید داشت و تیم علمی ما به عنوان یک مشاور و مجری در کنار پروژه تحقیقاتی شما قرار گرفته و فرایند شبیه سازی مولکولی شما را از صفر تا صد به صورت کامل اجرا خواهند نمود.

در صورتی که نیازمند به دریافت خدمات مشاوره و اجرای پروژه شبیه سازی مولکولی دارید، فرم درخواست انجام پروژه را تکمیل نمایید:

تجهیزات و زیرساخت‌های راویس بیوتک

سرورهای راویس بیوتک از سرورهای قدرتمند کمپانی سوپرمیکرو بوده که مجهز به CPU های Intel® Xeon® Gold Processors و هسته های پردازش گرافیکی بر پایه کارت‌های گرافیک GeForce RTX 2080 Ti هستند.